糞便拭子與肛拭子樣本和儲存條件對細菌群落特征的比較

背景

從住院患者體內采集腸道微生物群樣本進行分析可能具有挑戰(zhàn)性。收集方法和儲存條件是潛在的變異性來源。在這項研究中，我們比較了不同條件下儲存的糞便拭子和肛拭子樣本中的細菌微生物群，以評估因樣本儲存條件和收集方法而導致的差異。

方法

通過細菌 16S rRNA 基因序列分析，我們比較了在不同條件下儲存和收集的糞便樣本的微生物群譜。來自兩家醫(yī)院三名不同患者的糞便樣本（2份液體，1份成型）在以下條件下分別進行評估：立即在-80°C下冷凍，在4°C下保存12-48小時，然后在-80°C下冷凍，以及-20°C 下儲存，并在 -80°C 下儲存之前進行 1-2 個解凍循環(huán)。此外，還從一家醫(yī)院的 8 名住院患者采集了 8 份糞便樣本和 30 份肛拭子樣本。使用Yue和Clayton相異指數（θ YC距離）和分子方差分析（AMOVA）評估微生物群差異。

結果

無論儲存條件如何，基于 θ YC距離（樣本內 θ YC距離中位數：0.035，IQR：0.015-0.061），相同糞便樣本的等分試樣的細菌群落與不同糞便樣本的等分試樣（中位數樣本間 θ YC距離：0.93，IQR：0.85-0.97）（Wilcoxon 檢驗p值：<0.0001）。對于糞便和直腸拭子比較，無論樣本采集方法如何，來自不同患者的樣本均存在顯著差異（AMOVA p值：<0.001-0.029），而所有糞便和肛拭子樣本之間沒有顯著差異（AMOVA p值：<0.001-0.029） 。 0.976）。拭子和糞便樣本之間的θ YC差異指數在個體內部（中位數 0.17，IQR：0.10-0.27）顯著低于個體之間（中位數 0.93，IQR：0.85-0.97）（Wilcoxon 檢驗p值：<0.0001），表明在采樣期間從同一個人采集的糞便和肛拭子樣本之間的差異最小。

結論

對于基于細菌 16S rRNA 基因序列分析的胃腸道微生物群研究，糞便樣本臨時儲存在 4 °C 或 -20 °C，而不是立即儲存在-80 °C，不會顯著改變結果。此外，同一受試者的糞便和肛拭子微生物群高度相似，表明這些采樣方法可以互換使用來評估遠端胃腸道的群落結構。

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