國(guó)內(nèi)首個(gè)！感染性疾病tNGS專家共識(shí)發(fā)布

感染性疾病領(lǐng)域的精準(zhǔn)診斷迎來(lái)重大進(jìn)展！12月18日，北京大學(xué)人民醫(yī)院王輝教授領(lǐng)銜，聯(lián)合感染病學(xué)、呼吸病學(xué)、重癥醫(yī)學(xué)、微生物學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)等多領(lǐng)域的專家共同發(fā)布了國(guó)內(nèi)首個(gè)《靶向高通量測(cè)序在感染性疾病中應(yīng)用與實(shí)踐專家共識(shí)》（簡(jiǎn)稱《共識(shí)》）。

《共識(shí)》明確規(guī)范了靶向高通量測(cè)序（tNGS）的臨床適應(yīng)癥、技術(shù)要點(diǎn)、干濕實(shí)驗(yàn)室建設(shè)、報(bào)告發(fā)放等醫(yī)學(xué)診斷的全流程，意味著tNGS在感染性疾病診斷中的應(yīng)用有了行業(yè)認(rèn)可和可遵循的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)、方法，確保實(shí)驗(yàn)室的標(biāo)準(zhǔn)化操作，消除不同方法帶來(lái)的結(jié)果誤差，助力疾病精準(zhǔn)診斷邁向新高度。

圖片來(lái)源：《共識(shí)》

tNGS在成本控制、靈敏度上

具有顯著優(yōu)勢(shì)

感染性疾病嚴(yán)重威脅人類(lèi)健康。隨著抗生素耐藥和不合理使用問(wèn)題的逐漸加重，如何早期、快速、精準(zhǔn)地鑒別出致病微生物，成為感染性疾病有效防治的關(guān)鍵。

高通量測(cè)序（NGS）技術(shù)為臨床感染性疾病提供了高通量檢測(cè)技術(shù)手段，主要包括宏基因組高通量測(cè)序（mNGS）、靶向高通量測(cè)序（tNGS）和全基因組測(cè)序（WGS）。

tNGS 和 mNGS 通量高，可一次性檢測(cè)百種以上病原。兩者不同之處在于，mNGS為鳥(niǎo)槍法測(cè)序，無(wú)需預(yù)設(shè)待檢病原，但易受人源背景干擾。而tNGS通過(guò)特異性引物擴(kuò)增或者雜交捕獲的方式靶向富集目標(biāo)病原體或基因，測(cè)序量?jī)H為mNGS百分之一，成本低且同一流程可檢測(cè)DNA和RNA病原。

然而，當(dāng)前tNGS臨床應(yīng)用場(chǎng)景不明確，且不同實(shí)驗(yàn)室tNGS技術(shù)體系差異大，結(jié)果良莠不齊，在臨床適應(yīng)證、實(shí)驗(yàn)流程、質(zhì)量控制、性能驗(yàn)證和報(bào)告解讀等方面均缺乏共識(shí)和標(biāo)準(zhǔn)，影響了行業(yè)發(fā)展。

tNGS送檢應(yīng)區(qū)分

癥候群和不同感染部位

《共識(shí)》的發(fā)布，正好為tNGS在感染性疾病診斷中的應(yīng)用提供標(biāo)準(zhǔn)和示范。其強(qiáng)調(diào)，臨床應(yīng)分癥候群、根據(jù)不同感染部位選擇適合的tNGS panel送檢，且相應(yīng)感染部位避免納入無(wú)關(guān)病原微生物；tNGS是輔助診斷的有力工具，但不能單獨(dú)用于確診或排除疾病。

針對(duì)病原診斷適應(yīng)癥，《共識(shí)》指出：

1. tNGS的應(yīng)用場(chǎng)景應(yīng)與mNGS有所區(qū)別和側(cè)重。對(duì)于非重癥患者，傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)陰性時(shí)，考慮送檢 tNGS；病情危重或新發(fā)突發(fā)傳染病時(shí)，考慮送檢mNGS。

2. 針對(duì)不同的感染部位，建議覆蓋相應(yīng)病原譜的tNGS，比如肺部感染組套、中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染組套等。靶向病原譜應(yīng)包括該癥候群難培養(yǎng)、罕見(jiàn)的病原，不宜納入該部位無(wú)臨床意義的微生物。

3. tNGS結(jié)果陰性而臨床仍高度懷疑感染時(shí)，考慮送檢mNGS。

4. 建議根據(jù)臨床需求和醫(yī)療花費(fèi)選擇不同tNGS方法。多重PCR擴(kuò)增tNGS方法靶標(biāo)少，花費(fèi)較低，而探針捕獲tNGS方法覆蓋病原譜廣，花費(fèi)較高。

5. 臨床高度懷疑結(jié)核分枝桿菌感染或抗酸染色陽(yáng)性需鑒別非結(jié)核分枝桿菌（NTM）感染時(shí)，考慮選用包括結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群及致病性NTM的tNGS。針對(duì)微生物耐藥適應(yīng)癥，《共識(shí)》指出，mNGS在耐藥基因檢測(cè)上存在局限，尤其在低濃度樣本中難以準(zhǔn)確分析耐藥亞型，不建議常規(guī)用于耐藥基因檢測(cè)。相比之下，tNGS通過(guò)靶向特定耐藥基因區(qū)域，能提供相對(duì)更可靠的耐藥檢測(cè)結(jié)果。

6. 結(jié)核分枝桿菌培養(yǎng)和藥敏試驗(yàn)時(shí)間長(zhǎng)，建議INGS用于呼吸道標(biāo)本的結(jié)核分枝桿菌鑒定、耐藥基因及其突變位點(diǎn)的檢測(cè)。

7. 臨床懷疑特定耐藥菌感染，并且耐藥基因與耐藥表型關(guān)聯(lián)性強(qiáng)時(shí)，可考慮送檢tNGS，作為常規(guī)方法的補(bǔ)充。重點(diǎn)關(guān)注碳青霉烯酶、超廣譜B-內(nèi)酰胺酶（ESBL）、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）、萬(wàn)古霉素耐藥腸球菌（VRE）等耐藥基因和病原體。

針對(duì)流行病學(xué)和病原監(jiān)測(cè)適應(yīng)癥，《共識(shí)》指出進(jìn)行新型冠狀病毒、流感病毒等病毒變異監(jiān)測(cè)時(shí)，可考慮選擇覆蓋基因組全長(zhǎng)的tNGS。

《共識(shí)》還強(qiáng)調(diào)了tNGS的臨床報(bào)告的正確發(fā)放和科學(xué)解讀對(duì)于臨床決策至關(guān)重要。其建議組建包括微生物實(shí)驗(yàn)室技師/醫(yī)師和臨床醫(yī)師的團(tuán)隊(duì)，在報(bào)告過(guò)程中，建議針對(duì)不同標(biāo)本和感染類(lèi)型建立病原解析庫(kù)，建議結(jié)合標(biāo)本類(lèi)型、病原種類(lèi)、均一化序列數(shù)等指標(biāo)進(jìn)行報(bào)告解讀，在臨床信息基礎(chǔ)上判斷該病原的致病等級(jí)。

tNGS+MetaCAP+報(bào)告解讀

金域助力感染性疾病精準(zhǔn)診斷

《共識(shí)》的發(fā)布，為實(shí)驗(yàn)室提供了一套標(biāo)準(zhǔn)化的操作流程。其覆蓋tNGS引物/探針設(shè)計(jì)到報(bào)告解讀全流程，確保了報(bào)告的科學(xué)性和準(zhǔn)確性。作為率先將tNGS應(yīng)用于感染性疾病臨床診斷的第三方醫(yī)檢機(jī)構(gòu)，金域醫(yī)學(xué)用于病原測(cè)序的tNGS和MetaCAP技術(shù)平臺(tái)，正好對(duì)應(yīng)《共識(shí)》中的多重PCR擴(kuò)增法tNGS和探針捕獲法tNGS。

截至目前，金域醫(yī)學(xué)tNGS平臺(tái)已推出呼吸107、呼吸225、神經(jīng)100、MTB-NTM（分枝桿菌菌種鑒定與耐藥基因檢測(cè)）、HP毒力和耐藥基因檢測(cè)等；MetaCAP平臺(tái)則推出了MetaCAP?、血流感染NGS-MetaBlood?、感染病理NGS-MetaPath?等，在解決呼吸系統(tǒng)感染、中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染、血流感染、感染病理等場(chǎng)景優(yōu)勢(shì)明顯。依托覆蓋全國(guó)的服務(wù)網(wǎng)絡(luò)，這兩個(gè)技術(shù)平臺(tái)已逐步向全國(guó)各級(jí)醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供服務(wù)。

為幫助臨床醫(yī)生更便捷理解檢測(cè)報(bào)告，金域醫(yī)學(xué)基于專業(yè)化的病原微生物知識(shí)庫(kù)，結(jié)合不同樣本類(lèi)型、不同免疫狀態(tài)人群、臨床特征和診斷思路，在金域云檢KMC平臺(tái)上線tNGS智慧報(bào)告解讀服務(wù)，為臨床醫(yī)生提供有針對(duì)性的報(bào)告解讀，便于臨床醫(yī)生快速了解特定標(biāo)本類(lèi)型下檢出病原體的臨床釋義，助力提高診斷效率。