Cary-Blair氏運送培養(yǎng)基用于糞便標(biāo)本采集運輸

人體腸道微生物組在健康和疾病中起著重要作用。測序技術(shù)的進步使人們可以詳細(xì)表征腸道微生物的組成。然而,樣本的收集和儲存會顯著影響細(xì)菌組成。這突顯了優(yōu)化糞便樣本處理方案以進行微生物組研究的必要性。

一篇2019年的論文研究了儲存溫度、儲存時間以及Cary-Blair氏運送培養(yǎng)基對糞便樣本中腸道微生物組成穩(wěn)定性的影響。維持糞便樣本的完整性對腸道微生物組研究至關(guān)重要。直接提取DNA或在-80°C冷凍被認(rèn)為是黃金標(biāo)準(zhǔn),但不總是可行的。本研究比較了不同的儲存條件和Cary-Blair介質(zhì)的使用。

作者收集了11位健康成人的231份糞便樣本。樣本在不同條件下儲存:4°C或25°C儲存1、3或7天,有或無Cary-Blair介質(zhì)。將微生物組成與新鮮樣本和立即在-80°C冷凍的樣本進行比較。提取細(xì)菌DNA并測序16S rRNA的V3-V4區(qū)域。進行生物信息學(xué)分析以檢查微生物分類。還在有氧和厭氧培養(yǎng)下評估了細(xì)菌的存活率。

關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)：

- 4°C儲存3天和7天的無防腐劑樣本,其微生物組成與-80°C樣本存在顯著差異。

- 25°C儲存僅1天的無防腐劑樣本,微生物組成即發(fā)生改變。組成在7天內(nèi)持續(xù)漂移。

- Cary-Blair介質(zhì)可以將微生物組成保持7天(4°C)和1天(25°C)穩(wěn)定。

- 無防腐劑樣本,腐生菌門隨時間減少,25°C尤其明顯。放線菌門隨時間增加。

- Cary-Blair抑制了25°C腐生菌門的減少和放線菌門的增加。

- Cary-Blair樣本中的細(xì)菌存活率高于無防腐劑和RNAlater樣本。

結(jié)果表明，儲存時間和溫度極大地影響腸道微生物的穩(wěn)定性。冷藏可以短時間保藏樣本。室溫儲藏導(dǎo)致快速變化。Cary-Blair介質(zhì)可能通過延長細(xì)菌存活時間來抑制微生物變化。它還有利于細(xì)菌分離。

結(jié)論：

- 無防腐劑的糞便樣本如果在室溫下應(yīng)在24小時內(nèi)冷凍或處理,或者在冰箱內(nèi)3天內(nèi)。

- Cary-Blair傳輸介質(zhì)可以有效保持腸道微生物組成至少在室溫1天或冰箱7天穩(wěn)定。

- Cary-Blair允許細(xì)菌分離且廉價,適合大規(guī)模微生物組研究的儲存需要。

- 收集糞便樣本時,應(yīng)盡量減少儲存時間和控制溫度。Cary-Blair是穩(wěn)定微生物組成的可行選擇。

本研究為優(yōu)化糞便樣本處理提供了指導(dǎo),展示了Cary-Blair介質(zhì)在腸道微生物研究中的用途。正確的樣本儲存方法對微生物組分析得到有效結(jié)論至關(guān)重要。

引用文獻

Nagata N, Tohya M, Takeuchi F, Suda W, Nishijima S, Ohsugi M, Ueki K, Tsujimoto T, Nakamura T, Kawai T, Miyoshi-Akiyama T, Uemura N, Hattori M. [Effects of storage temperature, storage time, and Cary-Blair transport medium on the stability of the gut microbiota.](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31611489/) Drug Discov Ther. 2019 Nov 14;13(5):256-260. doi: 10.5582/ddt.2019.01071. Epub 2019 Oct 11. PMID: 31611489.

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