陰道拭子分析微生物組的傳統(tǒng)方法和新興快速方法的比較

傳統(tǒng)上，使用16S rRNA基因測序被認為是使用陰道拭子表征陰道微生物組的黃金標準。但是,這種技術(shù)相對昂貴且時間花費更多。近些年的研究評估了更快、更便宜的替代方法來分析陰道拭子,同時與測序相比保持高精度。

2023年Short等人的一項研究直接比較了陰道拭子和月經(jīng)杯收集陰道流體,隨后進行16S rRNA基因測序。兩種取樣方法對DNA產(chǎn)量、細菌負載、α多樣性和區(qū)分社區(qū)狀態(tài)類型的能力給出了非常相似的結(jié)果。月經(jīng)杯提供了一些優(yōu)勢,包括更大體積的無稀釋樣本和在診所外自我采集的潛力。

另一種方法是直接在拭子上進行解吸電離質(zhì)譜法代謝組分析(DESI-MS),Pruski等人在2021年的一項研究中有描述。這種快速方法可以在不到3分鐘內(nèi)分析陰道拭子。 DESI-MS可以預(yù)測陰道微生物組成和炎癥狀態(tài)。在兩個獨立的隊列中對超過1000個樣本進行了預(yù)測模型驗證。重要的是,DESI-MS代謝特征與早產(chǎn)風(fēng)險相關(guān)。

Singer等人在2021年的第三項研究比較了16S rRNA基因測序和對陰道拭子的IS-pro分析。IS-pro是一種基于PCR的技術(shù),可以描繪16S-23S rRNA間隔區(qū)。在這項研究中,它比測序更快、更便宜。IS-pro和測序之間的結(jié)果顯示了非常高的相關(guān)性(中位數(shù)Pearson's R2 = 0.97)。

總之,雖然16S rRNA基因測序仍然是黃金標準,但新興方法如直接DESI-MS和IS-pro拭子分析使陰道拭子的快速、經(jīng)濟高效的分析成為可能。這些方法生成與測序一致的結(jié)果,但時間只有一小部分。 DESI-MS可以在幾分鐘內(nèi)提供結(jié)果,而IS-pro的周轉(zhuǎn)時間約為4小時。新技術(shù)的快速分析時間和更低的成本可能促進大規(guī)模研究和潛在的臨床應(yīng)用。

隨著研究的繼續(xù),與測序相比保持準確性的更快、更便宜的技術(shù)可能會越來越受歡迎。最終,像DESI-MS和IS-pro這樣的方法可以實現(xiàn)關(guān)于陰道健康的臨床決策指導(dǎo)的點療法測試。

參考文獻

1. Short CS, Quinlan R, Lee YS, Preda VG, Smith A, Marchesi JR, Shattock R, Bennett PR, MacIntyre DA, Taylor GP. Comparative analysis of vaginal microbiota sampling using menstrual cups and high vaginal swabs in pregnant women living with HIV-1 infection. Front Cell Infect Microbiol. 2023 May 9;13:1190160. doi: 10.3389/fcimb.2023.1190160. PMID: 37228662; PMCID: PMC10204588.

2. Pruski, P., Correia, G.D.S., Lewis, H.V. et al. Direct on-swab metabolic profiling of vaginal microbiome host interactions during pregnancy and preterm birth. Nat Commun 12, 5967 (2021). **https://doi.org/10.1038/s41467-021-26215-w**

3. Singer M, Koedooder R, Bos MP, Poort L, Schoenmakers S, Savelkoul PHM, Laven JSE, de Jonge JD, Morré SA, Budding AE. The profiling of microbiota in vaginal swab samples using 16S rRNA gene sequencing and IS-pro analysis. BMC Microbiol. 2021 Mar 31;21(1):100. doi: 10.1186/s12866-021-02149-7. PMID: 33789573; PMCID: PMC8015044.

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